LMI DRISA

Phòng thí nghiệm hợp tác Quốc tế - “Kháng thuốc khu vực Đông Nam Á” (LMI DRISA)

Trưởng PTN: TS. A.-L. Bañuls (IRD, Montpellier, Pháp) và GS. Đặng Đức Anh (NIHE, Hà Nội)
Điều phối dự án USTH: TS. Nguyễn Quang Huy (PMAB, USTH)
Địa điểm: Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ương (NIHE) và Đại học Khoa học và Công nghệ Hà Nội (USTH)

1. Lịch sử, Mục tiêu và Kết quả nghiên cứu

Phòng thí nghiệm LMI DRISA được hình thành và đi vào hoạt động từ năm 2016 với sự tham gia của các đối tác Việt Nam, Pháp, Lào, Campuchia và Vương Quốc Anh.

Kháng kháng sinh là thực trạng đáng báo động, đe dọa nghiêm trọng sức khỏe loài người trên khắp thế giới, đặc biệt là sự bùng phát của các chủng vi khuẩn gây bệnh đa kháng thuốc. Khu vực Đông Nam Á là trung tâm của nhiều loại bệnh truyền nhiễm nguy hiểm và cũng là nguồn chính của các loại vi khuẩn kháng và đa kháng thuốc. Trong bối cảnh này, kiểm soát sự bùng phát và lan truyền được đặt lên hàng đầu đối với tất cả hệ thống y tế trong khu vực.

Kháng kháng sinh thông thường hay phức tạp phụ thuộc vào bản chất sinh học của từng loài vi khuẩn. Khả năng này được quy định bởi một hoặc nhiều gene trên hệ gene hoặc plasmid của chúng. Kháng thuốc có thể xảy ra bằng việc hình thành đột biến và chủng kháng được chọn lọc ở bệnh nhân trong quá trình điều trị kháng sinh hoặc xảy ra do lây truyền các chủng kháng giữa các bệnh nhân. Cơ chế kháng thuốc có thể do việc chuyển gene trong cùng 1 dòng vi khuẩn từ thế hệ này sang thế hệ khác thông qua qua quá trình phân chia tế bào, hoặc chuyển gene ngang thông qua các cơ chế khác nhau (cùng loài hoặc khác loài vi khuẩn). Bên cạnh đó, các cơ chế phức tạp này xảy ra ở mức độ tế bào, việc lây truyền các chủng kháng giữa các hệ sinh thái khác nhau ở các điều kiện áp lực chọn lọc khác nhau (khu vực bệnh viện hoặc trong cộng đồng, môi trường nông thôn và thành thị…). Hiểu biết về các cơ chế tiến hóa kháng thuốc là hết sức cần thiết cho sự phát triển các chiến lược thích hợp và hiệu quả để đấu tranh và kiểm soát kháng thuốc.

Mục tiêu:

Mục đích của việc hình thành PTN LMI DRISA nhằm nghiên cứu các cơ chế kháng thuốc và sự lây truyền, phát tán các chủng kháng thuốc ở quy mô không gian và thời gian khác nhau. Điều này sẽ đạt được bằng việc phát triển các phương pháp bổ trợ cho nhau gồm (1) các nghiên cứu quan sát tại khu vực bệnh viện và trong cộng đồng, (2) nghiên cứu thực nghiệm, và (3) xây dựng mô hình thuật toán dự đoán.

Các nghiên cứu quan sát thu thập dữ liệu thông tin hiện nay còn rất thiếu và chưa đáp ứng được yêu cầu thực tế. Các kết quả từ nghiên cứu này góp phần cung cấp thông tin lâm sáng về việc lây truyền ở trong và giữa các đối tượng chính. Các nghiên cứu thực nghiệm giúp hiểu biết các cơ chế phân tử liên quan kháng thuốc và các mô hình thuật toán cho phép các phân tích tổng quan dữ liệu thu nhận được nhưng cũng đưa ra những hướng dẫn về việc thu thập mẫu và tiếp cận thực nghiệm. Mô hình hóa cũng được sử dụng để thăm dò và kiểm tra các giả thuyết từ đó viêc triển khai các thực nghiệm trở nên cụ thể hơn và hỗ trợ phát triển các chính sách y tế cộng đồng. Thêm vào đó, LMI DRISA còn tham gia vào các hoạt động đào tạo và đổi mới nghiên cứu.

Các thành viên của Lab tham gia đào tạo theo chương trình giảng dạy tại USTH, và hướng dẫn thạc sĩ, tiến sĩ triển khai đề tài khoa học. Các khóa đào tạo đặc biệt cũng được cung cấp cho các nhà nghiên cứu tiềm năng. Đổi mới phát triển các công nghệ mới và các công cụ chẩn đoán, cũng như nghiên cứu các phân tử kháng khuẩn mới.

2. Đối tác

Các đối tác Việt Nam

Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương (NIHE), Hà Nội
Đơn vị nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford (OUCRU), Hà Nội

Các đối tác quốc tế

PTN UMR MIVEGEC (IRD, CNRS, Đại học Montpellier), Pháp
Viện Pasteur Campuchia, Phnom Penh, Campuchia
Trung tâm các bệnh truyền nhiễm Lào - Christophe Mérieux (CILM), Viêng Chăn, Lào
PTN Các bệnh mới nổi, Quỹ Mérieux, Lyon, Pháp

3. Các nguồn tài trợ

IRD, CNRS, USTH, Đại sứ quán Pháp, Quỹ Mérieux, Viện Pasteur Campuchia và NIHE.

4. Trang thiết bị

TT	Tên thiết bị	Vị trí đặt
1	Lab an toàn sinh học cấp 2	USTH
2	Máy in	USTH
3	Nồi hấp khử trùng	USTH
4	Hệ thống điện di DNA và Protein	USTH
5	Tủ ấm vi sinh	USTH
6	Tủ đông -20°c	USTH
7	Tủ lạnh lưu mẫu	USTH
8	Máy PCR	NIHE
9	Thiết bị đọc DNA chip microarray	NIHE
10	Lò lai mẫu	NIHE
11	Tủ ấm CO2	NIHE
12	Máy li tâm	NIHE

5. Các hoạt động nghiên cứu đang được triển khai với sự tham gia của các giảng viên USTH

5.1. Các nghiên cứu quan sát

5.1.1. Các dự án Sức khỏe số 1

1. Quá trình thích ứng chuyển hóa ở thực vật ở khu vực đất nhiễm kim loại nặng và kháng sinh: Ảnh hưởng đến hệ vi sinh vật cố định rễ và chọn lọc quần thể đa kháng thuốc.

Các giảng viên tham gia: TS. Phạm Hoàng Nam (PI), TS. Nguyễn Thị Kiều Oanh, TS. Nguyễn Quang Huy, TS. Nguyễn Thy Ngọc, TS. Lê Thị Thu Hằng.

Các giảng viên ngoài USTH: PGS. TS. Lê Mai Hương, INPC, VAST; GS. Marie-Geneviève Dijoux-Franca & TS. Sylvie Nazaret (UMR 5557 CNRS Lyon, Pháp); TS. Anne-Laure Bañuls, (MIVEGEC, LMI DRISA, IRD Montpellier, Pháp); TS Trần Huy Hoàng (NIHE, LMI DRISA).

2. Sinh thái và sự tiến hóa kháng kháng sinh ở Việt Nam hướng đến dự án “Sức khỏe số 1” (con người, động vật và môi trường):

Các giảng viên tham gia: TS. Phạm Hoàng Nam (PI), TS. Nguyễn Thị Kiều Oanh, TS. Nguyễn Quang Huy.

Các giảng viên ngoài USTH: TS Trần Thanh Sơn (ĐH Quy Nhơn); TS Trần Huy Hoàng (NIHE, LMI DRISA), GS. Marie-Geneviève Dijoux-Franca & TS. Sylvie Nazaret (UMR 5557 CNRS Lyon, Pháp); TS Jean Christophe Auguet (UMR MARBEC, Pháp); TS. Anne-Laure Bañuls (MIVEGEC, LMI DRISA, IRD Montpellier, Pháp); GS Sylvain Godreuil (CHU Arnaud de Villeneuve, LMI DRISA, MIVEGEC, Montpellier).

5.1.2. Dịch tễ học phân tử và tiến hóa kháng thuốc ở vi khuẩn lao Mycobacterium tuberculosis ở khu vực Đông Nam Á (Việt Nam, Campuchia và Lào).

Giảng viên tham gia: TS. Nguyễn Quang Huy.

Các giảng viên ngoài USTH: TS Nguyễn Thị Vân Anh (NIHE, LMI DRISA, Vietnam), TS Silaphet Somphavong (CILM, LMI DRISA, Lào), TS Sokleaph Cheng (IPC, LMI DRISA, Campuchia), TS Mallorie Hide (IPC, LMI DRISA, Campuchia), TS Alexandra Kerleguer (IPC, LMI. DRISA, Campuchia), TS. Anne-Laure Bañuls (MIVEGEC, LMI DRISA, IRD Montpellier, Pháp); GS Sylvain Godreuil (CHU Arnaud de Villeneuve, LMI DRISA, MIVEGEC, Montpellier).

5.2. Nghiên cứu thực nghiệm

5.2.1. Dự án SAPAA: Sàng lọc In vitro và in silico các sản phẩm tự nhiên kháng vi khẩn đa kháng thuốc ở Việt Nam: Hướng đến xác định các mục tiêu và cơ chế tác động mới.

Giảng viên tham gia: Giảng viên khoa PMAB (đồng chủ nhiệm: TS Nguyễn Thị Kiều Oanh)

Các giảng viên ngoài USTH: GS. Michel Lebrun (IRD, LMI RICE), TS. Anne-Laure Bañuls (coPI, MIVEGEC, LMI DRISA, IRD, Montpellier), TS. Baptiste Vergnes (MIVEGEC, LMI DRISA, IRD, Montpellier), GS. Marie-Geneviève Dijoux-Franca (UBCL, Lyon), TS. Duong Thi Ly Huong (SMP-VNU, Vietnam), TS. Nguyen Huy Hoang (NIHE, LMI DRISA, Vietnam), INPC researchers (Laboratory of Bioassay, INPC, Vietnam).

5.2.2. Kháng Pyrazinamide ở vi khuẩn lao Mycobacterium tuberculosis tại Việt Nam: Cải thiện chẩn đoán kháng thuốc và đánh giá ảnh hưởng của đột biến kháng thuốc

Giảng viên tham gia: TS Nguyen Quang Huy (Chủ nhiệm)

Các giảng viên ngoài USTH: Trần Khánh Linh (sinh viên USTH), TS Nguyễn Thị Vân Anh (NIHE, LMI DRISA, NIHE, Vietnam), TS Le Quang Hoa (HUST, Vietnam), TSBaptiste Vergnes (MIVEGEC, LMI DRISA, IRD, Montpellier), TS Anne-Laure Bañuls (MIVEGEC, LMI DRISA, IRD, Montpellier).

5.2.3. Sự tiến hóa kháng thuốc Bedaquiline ở vi khuẩn lao Mycobacterium tuberculosis

Giảng viên tham gia: TS Nguyen Thi Van Anh, TS Nguyen Quang Huy.

Các giảng viên ngoài USTH: TS. Nguyen Thi Van Anh (PI, NIHE, LMI DRISA, NIHE, Vietnam), TS. Elodie Gazanion (MIVEGEC, Montpellier); Team of the mycobacteriology laboratory of National Lung Hospital of Hanoi.

5.3. Đổi mới

5.3.1. Phát triển bộ Kit chẩn đoán nhanh vi khuẩn lao Mycobacterium tuberculosis kháng thuốc dựa trên công nghệ microarray.

Giảng viên tham gia: TS Nguyễn Quang Huy.

Các giảng viên ngoài USTH: TS Nguyen Thi Van Anh (coPI, NIHE, LMI DRISA, NIHE, Vietnam), Nguyen Thi Ngoc Anh (PhD student, LMI DRISA, MIVEGEC, NIHE, Montpellier/Hanoi), TS Véronique Le Berre (LISPB, Toulouse), Nhóm nghiên cứu Biochip và plateform Công nghệ nano sinh học (Genopole, Toulouse), TS Silaphet Sompavong (CILM, LMI DRISA, Laos), TS Sokleaph Cheng (IPC, LMI DRISA, Cambodia), TS Alexandra Kerleguer (IPC, LMI DRISA, Cambodia), TS Anne-Laure Bañuls (coPI, MIVGEC, LMI DRISA, Montpellier).

5.3.2. Phát triển thuốc thay thế kháng sinh

1. Dự án SAPAA

2. Phát triển các peptide kháng vi sinh vật

Giảng viên tham gia: TS Nguyễn Quang Huy.

Các giảng viên ngoài USTH: TS Nguyen Thi Van Anh (NIHE, LMI DRISA,Vietnam), TS Dorothée Misse (PI, MIVEGEC, LMI DRISA, IRD, Montpellier), TS Mallorie Hide (MIVEGEC, LMI DRISA, IPC, Cambodia), TS Silaphet Sompavong (CILM, LMI DRISA, Laos), TS Sokleaph Cheng (IPC, LMI DRISA, Cambodia), TS Alexandra Kerleguer (IPC, LMI DRISA, Cambodia).

6. Các thành viên tham gia LMI DRISA

TT	Họ và Tên	Vị trí	Đại học/Viện nghiên cứu	Ghi chú
Vietnamese members
1	Nguyen Quang Huy	Giảng viên/ - Điều phối dự án USTH	USTH
2	Pham Hoang Nam	Giảng viên	USTH
3	Nguyen Thi Van Anh	Giảng viên	USTH
4	Nguyen Thi Kieu Oanh	Giảng viên	USTH
5	Nguyen Thy Ngoc	Giảng viên	USTH
6	Dang Duc Anh	Đồng trưởng Lab LMI	NIHE
7	Nguyen Thi Van Anh	Nghiên cứu viên	NIHE
8	Vu Thi Thuong	Kỹ thuật viên	NIHE
9	Tran Huy Hoang	Nghiên cứu viên	NIHE
10	Tran Thi Van Phuong	Kỹ sư	NIHE
11	Nguyen Thi Ngoc Anh	Nghiên cứu sinh	NIHE/MIVEGEC
12	Vu Tien Viet Dung	Nghiên cứu sinh	OUCRU
13	Le Viet Thanh	Sau tiến sĩ	OUCRU
Các thành viên quốc tế
1	Silaphet Somphavong	Nghiên cứu sinh	CILM, Laos
2	Phimpha Paboriboune	Trưởng phòng	CILM, Laos
3	Alun	Kỹ thuật viên	CILM, Laos
4	Anne-Laure Bañuls	Đồng trưởng Lab LMI	IRD, MIVEGEC
5	Sokleaph Cheng	Nghiên cứu sinh	IPC, Cambodia
6	Seiha Heng	Kỹ sư	IPC Cambodia
7	Alexandra Kerleguer	Bác sĩ	IPC Cambodia
8	Marc Choisy	Nghiên cứu viên	IRD, MIVEGEC
9	Mallorie Hide	Kỹ sư	IRD, Mivegec
10	Samuel Alizon	Nghiên cứu viên	Mivegec
11	Dorothée Missé	Nghiên cứu viên	Mivegec
12	Ramsès Didjou-Demasse	Nghiên cứu viên	Mivegec
13	Sylvain Godreuil	Giáo sư	Université Montpellier, Mivegec
14	Michel Lebrun	Trưởng khoa PMAB	USTH/IRD
15	Jean-Luc Berland	Kỹ sư	LPE
16	Juliet Bryant	Giám đốc khoa học	LPE
17	Florence Pradel	Quản lí	LPE
18	Rogier Van Doorn	Giám đốc OUCRU	OUCRU

7. Các công bố chính

No	Publications	Authors	Journal/Book	Year
1	Reduced turn-around time for Mycobacterium tuberculosis drug susceptibility testing with a proportional agar microplate assay.	Nguyen VA, Nguyen HQ, Vu TT, Nguyen NA, Duong CM, Tran TH, Nguyen HV, Dang DA, Bañuls AL.	Clin Microbiol Infect. Dec;21(12):1084-92.	2015
2	Mycobacterium tuberculosis lineages and anti-tuberculosis drug resistance in reference hospitals across Viet Nam. doi	Nguyen VAT, Bañuls AL, Tran THT, Pham KLT, Nguyen TS, Nguyen HV, Nguyen NLT, Dang DA, Marks GB, Choisy M.	BMC Microbiology. 16: 167	2016
4	High Nasal Carriage Rate of Staphylococcus aureus Containing Panton-Valentine Leukocidin- and EDIN-Encoding Genes in Community and Hospital Settings in Burkina Faso.	Ouedraogo AS, Dunyach-Remy C, Kissou A, Sanou S, Poda A, Kyelem CG, Solassol J, Bañuls AL, Van De Perre P, Ouédraogo R, Jean-Pierre H, Lavigne JP, Godreuil S.	Front Microbiol. Sep 13;7:1406.	2016
5	Bedaquiline as part of combination therapy in adults with pulmonary multi-drug resistant tuberculosis.	Nguyen TV, Cao TB, Akkerman OW, Tiberi S, Vu DH, Alffenaar JW.	Expert Rev Clin Pharmacol. Aug;9(8):1025-37.	2016
6	Quadruple-first line drug resistance in Mycobacterium tuberculosis in Vietnam: What can we learn from genes?	Nguyen HQ, Nguyen NV, Contamin L, Tran THT, Vu TT, Nguyen HV, Nguyen NLT, Nguyen ST, Dang AD, Bañuls AL, Nguyen TVA.	Infect Genet Evol. Jun;50:55-61	2017
7	Molecular analysis of pyrazinamide resistance in Mycobacterium tuberculosis in Vietnam highlights the high rate of pyrazinamide resistance-associated mutations in clinical isolates.	Nguyen QH, Contamin L, Hoa TTT, Hung NV, Lan NTN, Son NT, Nhung NV, Anh DD, Bañuls AL, Nguyen TVA.	Emerg Microbes Infect. Oct 11;6(10):e86.	2017
8	Bedaquiline Resistance: Its Emergence, Mechanism, and Prevention.	Nguyen TVA, Anthony RM, Bañuls AL, Nguyen TVA, Vu DH, Alffenaar JC.	Clin Infect Dis. May 2;66(10):1625-1630.	2018
9	Antimicrobial resistance: the 70-year arms race between humans and bacteria.	Bañuls AL, Nguyen TVA, Nguyen QH, Nguyen TNA, Tran HH, Godreuil S	In, Ecology and Evolution of Infectious Diseases in low-income countries: Pathogen Control and Public Health Management in Low-Income Countries. Roche B, Broutin H & Simard F (Eds.) Oxford University Press, New York. pp 77-90	2018
10	Insights into the processes that drive the evolution of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis	Nguyen QH, Contamin L, Nguyen TVA, Bañuls AL	Evolutionary Applications;1–14	2018

8. Các kết quả nghiên cứu dự kiến đạt được trong thời gian tới

- Kết quả nghiên cứu kháng thuốc ở mức độ phân tử của vi khuẩn lao Mycobacterium tuberculosis tại Lào (Một bài báo đang phản biện, Luận văn thạc sĩ của NCS Silaphet Somphavong, tháng 12, 2018).

- Hợp tác với TS JC Auguet (CR CNRS, MARBEC, Montpellier) tham gia Dự án “Unravelling the biogeographY of the Marine Pathobiome for HEalth and food management”, thuộc chương trình “Key initiatives MUSE, Sea and Coast”. Các giảng viên USTH sẽ tham gia vào nghiên cứu resistome ở các hệ sinh thái khác nhau với các hoạt động khác nhau của con người (Thủy sản, làng chài, vùng ven biển etc.)

- Dự án cấp USTH “Evaluation of synergic effects of metals and antibiotics in contaminated environments on the emergence of pathogenic (multi)drug resistant bacteria in the North of Vietnam” (PI: Dr Pham Hoang Nam).

- Hoàn thiện PTN An toàn sinh học cấp 2 cho dự án SAPAA tại USTH.

- Đào tạo cử nhân Trần Khánh Linh trong khuôn khổ dự án Pyrazinamide: Correlation between pyrazinamidase activities, pyrazinamide resistance in Mycobacterium tuberculosis and genetic variants of pncA gene.

- Hoàn thiện bộ Kit chẩn đoán nhanh vi khuẩn lao Mycobacterium tuberculosis kháng thuốc dựa vào công nghệ microarray. NCS Nguyễn Thị Ngọc Anh sẽ bảo vệ tại Pháp vào tháng 11, 2018.

- Sản xuất một video về nghiên cứu kháng kháng sinh với sự tham gia hợp tác của USTH / IRD / NIHE (Đang triển khai).

- Đào tạo: Giải thưởng của Đại sứ quán Pháp dành cho TS Nguyễn Quang Huy trong khuôn khooer dự án Bedaquiline và TS Nguyễn Thi Ngọc theo dự án SAPAA tham gia khóa đào tạo phân tích NGS tại TAGC platform, ĐH Aix-Marseille.

- Cán bộ mới: TS Mallorie Hide đến làm nhiệm vụ tại Viện Pasteur Campuchia trong 2 năm theo dự án LMI DRISA. Mallorie sẽ tham gia các nghiên cứu kháng thuốc ở Mycobacterium tuberculosis và ở các vi khuẩn khác tại Cambodia và áp dụng các peptides kháng vi sinh vật để thay thế kháng sinh; TS Ramsès Didjou-Demasse sẽ đến PTN MIVEGEC, Montpellier vào tháng 10 năm 2018. Ramsès sẽ làm việc trong khuôn khổ dự án LMI DRISA tại Montpellier về các mô hình thuật toán của sự kháng thuốc.

9. Gallery