USTH đào tạo 5 chương trình thạc sĩ về khoa học – công nghệ bằng tiếng Anh, đồng cấp bằng với các trường đại học, viện nghiên cứu uy tín của Pháp. Riêng chương trình thạc sĩ Quản trị Vận tải Hàng không Quốc tế được cấp bằng của Trường hàng không dân dụng quốc gia Pháp (ENAC) có giá trị toàn cầu, được các công ty sản xuất máy bay và hãng vận tải hàng không quốc tế đánh giá rất cao.